Институт востоковедения имени Абу Райхана Бируни Академии наук Республики Узбекистан  был  образован в 1943 году на  базе Восточного отделения  Государственной публичной библиотеки (ныне Государственная библиотека имени Алишера Наваи). До 1950 года он назывался  Институтом по изучению восточных рукописей, а с 1950 года, учитывая охват научных направлений, был переименован в Институт востоковедения.

Вначале в Институте был лишь один отдел  по изучению восточных рукописей. Однако неустанно расширявшаяся  деятельность Института потребовала создания таких отделов, как первичная научная обработка и систематизация, научное описание и каталогизация, исследование и публикация письменных памятников и документов, а также отдела по изучению политической, экономической и культурной жизни стран зарубежного Востока и их связи со Средней Азией.

Научная деятельность Института связана в основном с его рукописным фондом. Собрание восточных рукописей Института по научной ценности считается одним из богатых и известных в мире хранилищ восточных рукописей. Наиболее древние произведения, хранящиеся в фонде,  имеют более чем тысячелетнюю историю (например, список Корана IХ века, переписанный почерком куфи), а самые поздние произведения датированы серединой ХХ века.

Имеющиеся в рукописном фонде произведения написаны на узбекском, арабском, персидском, таджикском, урду, пушту, азербайджанском, турецком, татарском, туркменском, уйгурском и других языках народов Востока. Эти сочинения охватывают различные отрасли средневековых наук: историю, литературу, философию, право, астрономию, физику, химию, медицину, фармакологию, лингвистику, географию, музыку, математику, минералогию, сельское хозяйство, изобразительное искусство и др.

Сейчас рукописный фонд Института насчитывает около 26000 томов. Многие из них являются сборниками, где в одну книгу переплетены несколько произведений. А фонд литографированных и печатных книг Института насчитывает около 40000 томов. Эти рукописи и книги имеют важное значение для изучения истории Средней Азии, а также стран зарубежного Востока – арабских стран, Афганистана, Индии, Ирана, Китая, Пакистана, Турции. Кроме этого, в рукописном фонде Института имеется около 10 тысяч исторических документов.

В Институте имеется также большое собрание исторических документов, которые охватывают тысячелетний период. Самый древний документ относится к Х веку, а самый поздний – к началу ХХ столетия. Основную их часть составляют документы, относящиеся Бухарскому, Хивинскому и Кокандскому ханствам. Ведется работа по исследованию и публикации этих документов.

C 1952 года была налажена работа по публикации каталогов рукописей фонда Института. К настоящему времени опубликованы 11 томов каталога «Собрание восточных рукописей Академии наук Узбекистана», тематические каталоги - «История», «Естественные науки», «Медицина», «Суфийских произведений» и «Восточные миниатюры». Кроме этого научными сотрудниками Института подготовлены и изданы каталоги, содержащие описания сочинений  отдельных выдающихся представителей науки и культуры – Абу Насра ал-Фараби, ‘Абу Али ибн Сины, Амира Хусрава Дихлави, ‘Абд ар-Рахмана Джами, Алишира Наваи и др.

В 2000 г. рукописный фонд Института занесен в Список культурного наследия ЮНЕСКО как одно из богатейших рукописных хранилищ мира.

Согласно постановлению Президента Республики Узбекистан ПП-2995 «О мерах по дальнейшему совершенствованию системы хранения, исследования и пропаганды древних письменных источников»  от 24 мая 2017 Институт востоковедения имени Абу Райхана Беруни Академии наук Республики Узбекистан признан ведущим научно-исследовательским учреждением республики по сохранению, изучению, исследованию на научной основе и пропаганде древних рукописей, современных письменных источников, имеющих историко-культурное значение.