Ўзбекистон Республикаси Фанлар академияси Абу Райҳон Беруний номидаги Шарқшунослик институти 1943 йил Ўзбекистон Давлат халқ кутубхонаси (ҳозирги Алишер Навоий номидаги Давлат кутубхонаси) нинг Шарқ бўлими асосида ташкил топган ва 1950 йилгача Шарқ қўлёзмаларини ўрганиш институти деб аталган. 1950 йилда эса Институтда олиб борилаётган илмий  соҳалар қамровини ҳисобга олиб, Шарқшунослик институти деб номланган.

Дастлаб Институтда Шарқ қўлёзмаларини ўрганишга мўлжалланган ягона бўлим мавжуд бўлиб, кейинчалик  қўлёзмаларни таснифлаш, илмий ўрганиш ва тавсифлаш, тадқиқ этиш ва нашрга тайёрлаш, шунингдек, Шарқ халқларининг сиёсий, иқтисодий ва маданий алоқаларини ўрганишга ихтисослашган бўлимлар ташкил этилди.

Институтнинг илмий фаолияти асосан бу ердаги қўлёзмалар фонди билан боғлиқ. Бу қўлёзмалар мажмуаси илмий жиҳатдан дунёдаги энг йирик ва машҳур хазиналаридан бири ҳисобланади. Бу хазинада сақланаётган асарларнинг ичида энг қадимийси IХ асрга оид (Қуръони каримнинг куфий хати билан китобат қилинган нусхаси), энг янгилари эса ХХ асрнинг ўрталарига тўғри келади.

Қўлёзмалар мажмуасидаги асарлар ўзбек, араб, форс, тожик, урду, пушту, озарбайжон, турк, татар, туркман, уйғур ва бошқа шарқ халқлари тилларида ёзилган. Мазкур асарлар ўрта аср ва ундан кейинги даврлар фанининг турли тармоқларига, яъни тарих, адабиёт, фалсафа, ҳуқуқ, фалакиёт, кимё, табобат, жуғрофия, доришунослик, тил, мусиқа, математика, маъданшунослик ва бошқа соҳаларга оид.

Ҳозирги вақтда қўлёзмалар хазинасида 26000 жилдга яқин қўлёзма сақланмоқда. Уларнинг кўпчилигида бир қанча асарлар жамланган. Тошбосма ва нашр этилган китобларнинг умумий сони 40000 га яқин жилдни ташкил этади. Улар Ўрта Осиё, шунингдек, Шарқ мамлакатлари – араб давлатлари, Афғонистон, Покистон, Туркия, Хитой, Эрон, Ҳиндистон тарихини ўрганишда ўта муҳим аҳамият касб этади.  Шунингдек,  Институтнинг қўлёзмалар хазинасида 10 мингга яқин тарихий ҳужжатлар ҳам сақланади.

Фондда минг йиллик тарихни қамраб олувчи тарихий ҳужжатлар ҳам сақланади. Улардан энг қадимийси Х асрга ва энг янгилари ХХ аср бошларига тўғри келади. Бухоро, Хива, Қўқон хонликларига оид архив ҳужжатлари уларнинг асосий қисмини ташкил этади. Бу ҳужжатларни ўрганиш ва нашр этиш бўйича тадқиқотлар олиб борилмоқда.

1952 йилдан бошлаб Институт хазинасида сақланаётган қўлёзмалар фиҳристини нашр этиш ишлари йўлга қўйилди. Бугунги кунга келиб «Ўзбекистон Фанлар академияси Шарқ қўлёзмалари тўплами» номли фиҳристнинг 11 жилди ва тарих, табобат, табиий фанлар, тасаввуфга оид ҳамда «Шарқ миниатюралари» каталоглари ҳам нашр этилди. Қўлёзмаларни каталоглаштириш  ишлари давом эттирилмоқда. Институтда яна илм-фаннинг буюк даҳолари: Абу Наср Форобий, Абу Али ибн Сино, Амир Ҳисрав Деҳлавий, Абдураҳмон Жомий, Алишер Навоий қаламларига мансуб асарлар қўлёзмаларининг алоҳида фиҳристлари ҳам чоп этилган. 

2000 йилда Институтнинг қўлёзмалар хазинаси дунёдаги энг бой қўлёзмалар мажмуаси сифатида ЮНЕСКО Маданий мерос рўйхатига киритилган.

Ўзбекистон Республикаси Президентининг “Қадимий ёзма манбаларни сақлаш, тадқиқ ва тарғиб қилиш тизимини яиада такомиллаштириш чора-тадбирлари тўғрисида”ги 2017 йил 24 майдаги 2995-сонли Қарорига асосан Институт мамлакатимиздаги қадимий қўлёзмалар, тарихий-маданий аҳамиятга эга бўлган замонавий ёзма манбаларни сақлаш, ўрганиш, илмий асосда тадқиқ этиш ва тарғиб қилиш бўйича етакчи илмий-тадқиқот муассасаси этиб белгиланди.